直到在武昌起事后，黄兴与华兴会部份志士才输运军火到武汉三镇助战。由于这批人有一起卖命作战的情谊，在受到孙中山与其兴中会旧部所筹组的临时政府排挤后。武昌起义派更不愿意加入孙中山主持的临时政府。
而事实上武昌起事的主事者是文学社与共进会。这两个团体是两湖地区的地下革命组织，主要成员为新军里的改革派。与宋教仁与黄兴的华兴会有联络。但是这些地下革命党由于平日要躲避清廷的查缉追捕，事实上并无法公开活动并其它革命党直接连系，实在称不上与华兴会有直接关联。
当时袁世凯指挥的清军与武汉三镇的革命军对峙，聪明的袁世凯怠步不前，不止挟革命军以威胁清政府，也挟清军的力量与革命党人谈判。
当时的袁世凯其实在民间的声望不低，一直同情立宪派的袁世凯也素有开明的形象。在武昌的革命党人遂与袁世凯有直接的书信往来，力劝袁世凯襄赞共和，并许袁世凯当共和国的临时大总统。
这让早看到清政府气数已尽的袁世凯大为动心，最后双方代表在租界密谈多次后达成共识。
在武昌的革命党人许袁世凯为临时大总统以换得袁世凯逼清室退位。同时因为袁世凯掌有军权，能确保中国在政权更替时维持统一，再加上袁世凯素与立宪派交好，许多省份在武昌起事后纷纷宣布独立，也是由当时各省的谘议局或新军为主导，这其中又多以立宪派为主。在武昌革命党人与袁世凯达成共识后，许多省份纷纷响应，更让袁世凯的声望如日中天。
当时孙中山在上海的临时政府受到极大的压力，许多省份的领导者通电孙中山，请求孙中山以大局为重。加上立宪派素与孙中山的革命党，本来就道不同不相为谋。许多人更是恶言相向，在租界报纸大发议论，逼孙中山交出临时大总统一职。其中还打着「同盟会中部总会」旗号的华兴会，支持武昌革命党人而不支持孙中山，更是压垮孙中山临时政府的最后一根稻草。孙中山至此对华兴会、武昌革命党人也充满不满。
共和肇建后，孙中山狼狈被赶下台，失去了临时大总统一职。孙中山只捞到了个全国铁路总督办的闲差。而在走向共和后，亦开始了自由组党。各政党如雨后春笋般出现。
其中与孙中山素来不睦的章太炎，就以一句传颂一时革命军起，革命党消，拒绝与旧时同盟会的成员共组政党。而先与张誉组成“中华民国联合会”，后来更名为统一党，再与民社合并为共和党。
不止与袁世凯交好，还处处与孙中山为敌。此外还有民主党、也由同盟会中分裂出来的统一共和党、共和建设讨论会等政党。而旧同盟会中，只剩下兴中会的旧部与华兴会。虽然两方因为孙中山被赶下临时大总统一职而有嫌隙，但是为了希望在未来的议会选举中获得最多的席次，仍然一起组成了政党，一开始仍称同盟会。但是由于华兴会里的黄兴参与武昌战事有功，且宋教仁平日素孚人望，华兴会成员又远较于兴中会剩余会众为多。
整个同盟会实为被华兴会把持。孙中山虽然仍然被选为理事长，但是只是安抚兴中会旧部的虚衔，实权尽在宋教仁手上。孙中山愤而出国，名义上是考查日本铁道系统。其实是再到日本寻求极右翼组织的金援，准备再回国参加第一届正式总统大选。孙中山出国后，宋教仁因此顺理成章成为“代理理事长”，实则为同盟会这个政党的实质领袖。这也是为什么第一届国会大选后，与袁世凯会面的国民党领袖会是宋教仁。
也因此，同盟会并不等同于兴中会，民国成立后组成政党的“同盟会”与革命党时代的“同盟会”也不相同。政党形式的同盟会后来又与统一共和党合并，改称国民党。而这个“国民党”与后来孙中山发动号称“二次革命”的武装叛乱失败后，逃到日本，再依附广东军阀成立的“中国国民党”也完全不同。
如果我们真实的面对历史，我们就是能知道同盟会在武昌起事前就名存实亡。而真正发动武昌起事的是「共进会」与「文学社」两个组织。勉强地说，这两个组织与华兴会为主的同盟会中部总会有连络。但是要说由同盟会领导革命，实在是弥天大谎。武昌起事与当时远在美国的孙中山毫无关系。孙中山自始不知道武昌新军密谋起事的事。
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