其实《达芬奇密码》只表达了一句话：耶稣是人不是神。
小说认为耶稣是有妻子的，还有活下来的后代，一个女儿。
负责在罗马人追杀下保护耶稣妻女的一群信徒，在2000年内严守这个秘密，历代人不惜生命保护这个秘密，这就是郇山隐修会。他们的前身是圣殿骑士团。
然而天主教教会为了自己无上的权力，宣布耶稣是神不是人，教会的权力才子神授。
为了保证他们的这种说法，他们的一个秘密分支主业会，在2000年内追杀耶稣的后裔以及郇山隐修会。
书中操纵一切的是雷·提彬爵士。他认为破除天主教的盲信，将思想自由还给人民，必须揭穿耶稣活着后裔的秘密。
所以，雷·提彬爵士利用主业会派出杀手，杀死了郇山隐修会的5个主要领袖，逼问耶稣后裔在哪里。
然而，这5个领袖在死亡前仍然遵守了自己的信仰，用一个虚假的情报迷惑了郇山隐修会杀手塞拉斯。
最后一个遇害的是隐修会大师雅克·索尼埃。他被杀手击中腹部后，暂时还没有死去。
索菲·奈芙得到了罗伯特·兰登的帮助，经过了连续的逃亡和追杀，最终知道了结果。
然而，结果让人出乎意外，索菲·奈芙就是耶稣活着的后裔。
在幼年的时候，索菲·奈芙遭遇了一场车祸，父母和弟弟都死亡，随后被祖父雅克·索尼埃抚养长大。
但雅克·索尼埃其实并不是他的祖父，而是隐修会的大师，承担了抚养和保护耶稣后裔的重任。
雅克·索尼埃对苏菲其实非常钟爱，称她为“索菲公主”，然而因苏菲不能理解祖父生活中的隐秘部分（少女时，她曾看到祖父在进行一场诡异的宗教活动），导致双方闹僵。
不过，雅克·索尼埃被杀后，导致一些重要证据丢失，已经无法证实苏菲就是后裔，所以她安全了。
不过，在书的最后，罗伯特·兰登教授以自己超人的密码天才，破译了雅克·索尼埃最后的一个秘密，这个证据（抹大拉的石棺）就被藏在卢浮宫博物馆的地下。
书中提到，牛顿和达芬奇都是郇山隐修会大师，尤其是达芬奇在自己的一系列作品中留下了很多关键的秘密证据。
小说是20世纪后期对诺斯提教派兴趣复兴的一部分。小说的素材主要来自《圣血和圣杯》。有人声称《达芬奇密码》就是取材于20世纪70年代后期英国广播公司（BBC）播放的一组短片的《圣血和圣杯》的传奇演绎版本。两者相同之处包括将抹大拉马利亚描述为活着的圣杯、对法国王朝的神圣起源的描写、书中涉及的神秘论、古埃及圣贤、教皇制度中的阴谋、以及隐写术的应用等。
这本书给人们提出了一个严肃的问题—信仰。 信仰，是人类情感的一种表达，更明确的说是一种心理投射，通过确认神的存在，进而确定自身存在的意义、价值和目的。为此人类在各种信仰中创立了各种的神，为了巩固神的地位，又创立了各种的教。例如世界三大宗教：佛教的释迦牟尼、伊斯兰教的穆罕默德、基督教的耶稣、还有一些小的、地域性的宗教信仰：如福建一带信仰妈祖等等。信仰本身并没有错与对之分，只是信众找到了一个更为自己所接受的精神寄托，他们并不一定在意被信仰的东西正确与否、真实与否，只要信仰本身是真实而虔诚的就好了！
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